Exploring the mechanism of sea buckthorn in promoting burn wound repair based on network pharmacology and molecular docking

doi:10.3877/cma.j.issn.1673-9450.2025.05.007

Abstract

Abstract:

Objective

To investigate the active components，therapeutic targets，and mechanisms of sea buckthorn in promoting burn wound repair using network pharmacology approaches with molecular docking validation.

Methods

Active components of sea buckthorn and their potential targets were retrieved from the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform （TCMSP）. Burn-related target genes were systematically collected from NCBI，GeneCards，and OMIM databases. The overlapping targets were identified and visualized using a Venn diagram. Protein-protein interaction （PPI） network analysis was performed using the STRING database，followed by topological analysis with Cytoscape software （version 3.10.2） to identify hub genes. Hub genes were analyzed using the DAVID database for gene ontology （GO） enrichment analysis and Kyoto encyclopedia of genes and genomes （KEGG） enrichment analysis. Constructed a network of active ingredients，target genes and signal pathways of sea buckthorn in promoting burn wound repair. Protein structures were retrieved and obtained through PDB and PubChem databases. Molecular docking between sea buckthorn's bioactive compounds and key targets was performed using AutoDock，with subsequent visualization in PyMOL.

Results

A total of 33 bioactive components were identified in sea buckthorn，including quercetin，isorhamnetin，pelargonidin，and kaempferol, etc. Bioinformatic analysis identified 167 potential target genes for sea buckthorn components，and 3 897 burn-related targets were retrieved from disease databases. Intersection analysis revealed 68 overlapping targets，including 12 hub genes （such as CASP3，EGFR，ESR1，IFNG，IL6，and PPARG）. KEGG enrichment analysis showed that sea buckthorn promote the repair of burn wounds primarily through signaling pathways associated with cancer, infection, and endocrine resistance. Molecular docking demonstrated strong binding affinities between key targets and sea buckthorn's bioactive compounds.

Conclusion

Sea buckthorn promotes burn wound repair through a synergistic mechanism involving multiple components，targets，and pathways.

Key words: Burns, Sea buckthorn, Wound healing, Network pharmacology, Molecular docking

Ziyuan Zhang, Duyin Jiang. Exploring the mechanism of sea buckthorn in promoting burn wound repair based on network pharmacology and molecular docking[J]. Chinese Journal of Injury Repair and Wound Healing(Electronic Edition), 2025, 20(05): 404-411.

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Figures/Tables 8

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序号	ID	活性成分	OB（%）	DL
1	MOL001004	天竺葵素（pelargonidin）	37.98	0.21
2	MOL010211	14，15-二甲基α-硅甾醇（14，15-dimethyl-alpha-sitosterol）	43.13	0.78
3	MOL010212	14-甲基α-谷甾醇（14-methyl-alpha-sitosterol）	43.48	0.78
4	MOL010227	角黄素（canthaxanthin）	41.58	0.56
5	MOL010228	类胡萝卜素（carotenoid）	40.75	0.54
6	MOL010230	ST5330591	48.07	0.84
7	MOL010232	顺式番茄红素（cislycopene）	45.51	0.54
8	MOL010234	δ-胡萝卜素（delta-carotene）	31.80	0.54
9	MOL010240	麦角甾-7-烯-3-β醇（ergosta-7-en-3-beta-ol）	38.76	0.82
10	MOL010241	麦角甾烯醇（ergostenol）	35.40	0.71
11	MOL010247	（2R，6S，7aR）-2-（1E，3E，5E，7E，9E，11E，13E，15E）-16-［（1R，4R）-4-羟基-2，6，6-三甲基-1-环己-2-烯基］-1，5，10，14-四甲基十六碳-1，3，5，7，9，11，13，15-辛烯基-2，4，4，7a-四甲基-6，7-二氢-5H-苯并呋喃-6-醇{（2R，6S，7aR）-2-（1E，3E，5E，7E，9E，11E，13E，15E）-16-［（1R，4R）-4-hydroxy-2，6，6-trimethyl-1-cyclohex-2-enyl］-1，5，10，14-tetramethylhexadeca-1，3，5，7，9，11，13，15-octaenyl-2，4，4，7a-tetramethyl-6，7-dihydro-5H-benzofuran-6-ol}	57.88	0.52
12	MOL010248	γ-胡萝卜素（gamma-carotene）	30.98	0.55
13	MOL001979	（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-4，4，10，13，14-五甲基-17-［（2R）-6-甲基庚-5 烯-2-基］-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-十氢-1H-环戊［a］菲蒽-3-醇（LAN）	42.11	0.74
14	MOL010267	番茄红素（lycopene）	32.57	0.50
15	MOL010283	2-甲基-3-［（E，7S，11R）-3，7，11，15-四甲基己癸-2-烯基］萘-1，4-二酮（ZINC03831331）	47.60	0.65
16	MOL001420	（8S，9S，10R，13R，14S，17R）-17-［（1R，4R）-4-乙基-1，5-二甲基己基］-10，13-二甲基-1，2，4，7，8，9，11，12，14，15，16，17-十二烷基氢化环戊［a］菲蒽（ZINC04073977）	37.99	0.75
17	MOL001494	十八碳-6，9-二烯酸乙酯（mandenol）	41.99	0.19
18	MOL001510	（S）-樟脑（5-Ergosten-3β-醇）（24-epicampesterol）	37.57	0.71
19	MOL002268	大黄酸（rhein）	47.06	0.27
20	MOL002588	（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-17-［（1R）-1，5-二甲基-4-亚甲基己基］-4，4，10，13，14-五甲基-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-十氢-1H-环戊［a］菲-3-醇{（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-17-［（1R）-15-dimethyl-4-methylenehexyl］-4，4，10，13，14-pentamethyl-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-decahydro-1H-cyclopenta［a］phenanthren-3-ol}	42.36	0.76
21	MOL002773	β-胡萝卜素（β-carotene）	37.18	0.58
22	MOL000354	异鼠李素（isorhamnetin）	49.60	0.30
23	MOL000358	β-谷甾醇（β-sitosterol）	36.91	0.75
24	MOL000359	谷甾醇（sitosterol）	36.91	0.75
25	MOL000422	山柰酚（kaempferol）	41.88	0.24
26	MOL000433	富马酸（FA）	68.96	0.70
27	MOL000449	豆甾醇（stigmasterol）	43.82	0.75
28	MOL000492	（+）-儿茶素［（+）-catechin］	54.82	0.24
29	MOL005100	5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］	47.73	0.27
30	MOL006756	瓜蒌（schottenol）	37.42	0.75
31	MOL000073	（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］	48.95	0.24
32	MOL000953	CLR	37.87	0.67
33	MOL000098	槲皮素（quercetin）	46.43	0.27

序号	ID	活性成分	OB（%）	DL
1	MOL001004	天竺葵素（pelargonidin）	37.98	0.21
2	MOL010211	14，15-二甲基α-硅甾醇（14，15-dimethyl-alpha-sitosterol）	43.13	0.78
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21	MOL002773	β-胡萝卜素（β-carotene）	37.18	0.58
22	MOL000354	异鼠李素（isorhamnetin）	49.60	0.30
23	MOL000358	β-谷甾醇（β-sitosterol）	36.91	0.75
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25	MOL000422	山柰酚（kaempferol）	41.88	0.24
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28	MOL000492	（+）-儿茶素［（+）-catechin］	54.82	0.24
29	MOL005100	5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］	47.73	0.27
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31	MOL000073	（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］	48.95	0.24
32	MOL000953	CLR	37.87	0.67
33	MOL000098	槲皮素（quercetin）	46.43	0.27

关键靶点	沙棘活性成分	结合自由能（kcal/mol）
CASP3	槲皮素（quercetin）	-5.35
EGFR	槲皮素（quercetin）	-5.89
IL6	槲皮素（quercetin）	-3.65
MYC	槲皮素（quercetin）	-4.26
IFNG	槲皮素（quercetin）	-4.95
TP53	槲皮素（quercetin）	-4.38
PTEN	十八碳-6，9-二烯酸乙酯（mandenol）	-3.66
ESR1	异鼠李素（isorhamnetin）	-5.84
PPARG	异鼠李素（isorhamnetin）天竺葵素（pelargonidin）山柰酚（kaempferol）槲皮素（quercetin）	-4.88 -7.98 -8.11 -7.35
MMP9	槲皮素（quercetin）	-5.22
PRKACA	（+）-儿茶素［（+）-catechin］ 5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］槲皮素（quercetin）	-5.42 -5.61 -6.18 -5.13
PTGS2	天竺葵素（pelargonidin）大黄酸（rhein）异鼠李素（isorhamnetin）山柰酚（kaempferol） β-谷甾醇（β-sitosterol）（+）-儿茶素［（+）-catechin］ 5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］槲皮素（quercetin）	-5.85 -6.69 -5.45 -6.03 -6.83 -5.27 -6.06 -6.46 -5.33

关键靶点	沙棘活性成分	结合自由能（kcal/mol）
CASP3	槲皮素（quercetin）	-5.35
EGFR	槲皮素（quercetin）	-5.89
IL6	槲皮素（quercetin）	-3.65
MYC	槲皮素（quercetin）	-4.26
IFNG	槲皮素（quercetin）	-4.95
TP53	槲皮素（quercetin）	-4.38
PTEN	十八碳-6，9-二烯酸乙酯（mandenol）	-3.66
ESR1	异鼠李素（isorhamnetin）	-5.84
PPARG	异鼠李素（isorhamnetin）天竺葵素（pelargonidin）山柰酚（kaempferol）槲皮素（quercetin）	-4.88 -7.98 -8.11 -7.35
MMP9	槲皮素（quercetin）	-5.22
PRKACA	（+）-儿茶素［（+）-catechin］ 5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］槲皮素（quercetin）	-5.42 -5.61 -6.18 -5.13
PTGS2	天竺葵素（pelargonidin）大黄酸（rhein）异鼠李素（isorhamnetin）山柰酚（kaempferol） β-谷甾醇（β-sitosterol）（+）-儿茶素［（+）-catechin］ 5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］槲皮素（quercetin）	-5.85 -6.69 -5.45 -6.03 -6.83 -5.27 -6.06 -6.46 -5.33

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