基于网络药理学和分子对接探讨沙棘促进烧烫伤创面修复的作用机制

doi:10.3877/cma.j.issn.1673-9450.2025.05.007

目的

运用网络药理学方法，探讨沙棘促进烧烫伤创面修复的活性成分、靶点和作用机制，并通过分子对接进行验证。

方法

通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取沙棘活性成分与靶点基因，综合NCBI、GeneCards、OMIM数据库的烧烫伤靶点基因，绘制交集基因的韦恩图。通过STRING数据库对交集基因进行分析，使用Cytoscape 3.10.2软件进行关键基因筛选并建立蛋白质相互作用（PPI）网络。将关键基因导入DAVID数据库，进行基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。构建沙棘促进烧烫伤创面修复的活性成分-靶点基因-作用通路网络。通过PDB、PubChem数据库进行蛋白质结构及小分子结构确认，利用AutoDock对沙棘活性成分和关键蛋白进行分子对接，并利用PyMOL进行可视化。

结果

检索出沙棘主要活性成分33个，包括槲皮素、异鼠李素、天竺葵素和山柰酚等；获取相关靶点基因167个，烧烫伤靶点基因3 897个，筛选出交集靶点68个和关键基因12个，包括CASP3、EGFR、ESR1、IFNG、IL6及PPARG等。KEGG富集分析显示，沙棘促进烧烫伤创面修复主要涉及癌症、感染及内分泌抵抗相关信号通路。分子对接结果表明关键蛋白与沙棘活性成分对接良好。

结论

沙棘通过多成分、多靶点、多通路的共同作用促进烧烫伤创面修复。

关键词: 烧伤, 沙棘, 伤口愈合, 网络药理学, 分子对接

Objective

To investigate the active components，therapeutic targets，and mechanisms of sea buckthorn in promoting burn wound repair using network pharmacology approaches with molecular docking validation.

Methods

Active components of sea buckthorn and their potential targets were retrieved from the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform （TCMSP）. Burn-related target genes were systematically collected from NCBI，GeneCards，and OMIM databases. The overlapping targets were identified and visualized using a Venn diagram. Protein-protein interaction （PPI） network analysis was performed using the STRING database，followed by topological analysis with Cytoscape software （version 3.10.2） to identify hub genes. Hub genes were analyzed using the DAVID database for gene ontology （GO） enrichment analysis and Kyoto encyclopedia of genes and genomes （KEGG） enrichment analysis. Constructed a network of active ingredients，target genes and signal pathways of sea buckthorn in promoting burn wound repair. Protein structures were retrieved and obtained through PDB and PubChem databases. Molecular docking between sea buckthorn's bioactive compounds and key targets was performed using AutoDock，with subsequent visualization in PyMOL.

Results

A total of 33 bioactive components were identified in sea buckthorn，including quercetin，isorhamnetin，pelargonidin，and kaempferol, etc. Bioinformatic analysis identified 167 potential target genes for sea buckthorn components，and 3 897 burn-related targets were retrieved from disease databases. Intersection analysis revealed 68 overlapping targets，including 12 hub genes （such as CASP3，EGFR，ESR1，IFNG，IL6，and PPARG）. KEGG enrichment analysis showed that sea buckthorn promote the repair of burn wounds primarily through signaling pathways associated with cancer, infection, and endocrine resistance. Molecular docking demonstrated strong binding affinities between key targets and sea buckthorn's bioactive compounds.

Conclusion

Sea buckthorn promotes burn wound repair through a synergistic mechanism involving multiple components，targets，and pathways.

Key words: Burns, Sea buckthorn, Wound healing, Network pharmacology, Molecular docking

表1 沙棘活性成分

序号	ID	活性成分	OB（%）	DL
1	MOL001004	天竺葵素（pelargonidin）	37.98	0.21
2	MOL010211	14，15-二甲基α-硅甾醇（14，15-dimethyl-alpha-sitosterol）	43.13	0.78
3	MOL010212	14-甲基α-谷甾醇（14-methyl-alpha-sitosterol）	43.48	0.78
4	MOL010227	角黄素（canthaxanthin）	41.58	0.56
5	MOL010228	类胡萝卜素（carotenoid）	40.75	0.54
6	MOL010230	ST5330591	48.07	0.84
7	MOL010232	顺式番茄红素（cislycopene）	45.51	0.54
8	MOL010234	δ-胡萝卜素（delta-carotene）	31.80	0.54
9	MOL010240	麦角甾-7-烯-3-β醇（ergosta-7-en-3-beta-ol）	38.76	0.82
10	MOL010241	麦角甾烯醇（ergostenol）	35.40	0.71
11	MOL010247	（2R，6S，7aR）-2-（1E，3E，5E，7E，9E，11E，13E，15E）-16-［（1R，4R）-4-羟基-2，6，6-三甲基-1-环己-2-烯基］-1，5，10，14-四甲基十六碳-1，3，5，7，9，11，13，15-辛烯基-2，4，4，7a-四甲基-6，7-二氢-5H-苯并呋喃-6-醇{（2R，6S，7aR）-2-（1E，3E，5E，7E，9E，11E，13E，15E）-16-［（1R，4R）-4-hydroxy-2，6，6-trimethyl-1-cyclohex-2-enyl］-1，5，10，14-tetramethylhexadeca-1，3，5，7，9，11，13，15-octaenyl-2，4，4，7a-tetramethyl-6，7-dihydro-5H-benzofuran-6-ol}	57.88	0.52
12	MOL010248	γ-胡萝卜素（gamma-carotene）	30.98	0.55
13	MOL001979	（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-4，4，10，13，14-五甲基-17-［（2R）-6-甲基庚-5 烯-2-基］-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-十氢-1H-环戊［a］菲蒽-3-醇（LAN）	42.11	0.74
14	MOL010267	番茄红素（lycopene）	32.57	0.50
15	MOL010283	2-甲基-3-［（E，7S，11R）-3，7，11，15-四甲基己癸-2-烯基］萘-1，4-二酮（ZINC03831331）	47.60	0.65
16	MOL001420	（8S，9S，10R，13R，14S，17R）-17-［（1R，4R）-4-乙基-1，5-二甲基己基］-10，13-二甲基-1，2，4，7，8，9，11，12，14，15，16，17-十二烷基氢化环戊［a］菲蒽（ZINC04073977）	37.99	0.75
17	MOL001494	十八碳-6，9-二烯酸乙酯（mandenol）	41.99	0.19
18	MOL001510	（S）-樟脑（5-Ergosten-3β-醇）（24-epicampesterol）	37.57	0.71
19	MOL002268	大黄酸（rhein）	47.06	0.27
20	MOL002588	（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-17-［（1R）-1，5-二甲基-4-亚甲基己基］-4，4，10，13，14-五甲基-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-十氢-1H-环戊［a］菲-3-醇{（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-17-［（1R）-15-dimethyl-4-methylenehexyl］-4，4，10，13，14-pentamethyl-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-decahydro-1H-cyclopenta［a］phenanthren-3-ol}	42.36	0.76
21	MOL002773	β-胡萝卜素（β-carotene）	37.18	0.58
22	MOL000354	异鼠李素（isorhamnetin）	49.60	0.30
23	MOL000358	β-谷甾醇（β-sitosterol）	36.91	0.75
24	MOL000359	谷甾醇（sitosterol）	36.91	0.75
25	MOL000422	山柰酚（kaempferol）	41.88	0.24
26	MOL000433	富马酸（FA）	68.96	0.70
27	MOL000449	豆甾醇（stigmasterol）	43.82	0.75
28	MOL000492	（+）-儿茶素［（+）-catechin］	54.82	0.24
29	MOL005100	5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］	47.73	0.27
30	MOL006756	瓜蒌（schottenol）	37.42	0.75
31	MOL000073	（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］	48.95	0.24
32	MOL000953	CLR	37.87	0.67
33	MOL000098	槲皮素（quercetin）	46.43	0.27

表1 沙棘活性成分

序号	ID	活性成分	OB（%）	DL
1	MOL001004	天竺葵素（pelargonidin）	37.98	0.21
2	MOL010211	14，15-二甲基α-硅甾醇（14，15-dimethyl-alpha-sitosterol）	43.13	0.78
3	MOL010212	14-甲基α-谷甾醇（14-methyl-alpha-sitosterol）	43.48	0.78
4	MOL010227	角黄素（canthaxanthin）	41.58	0.56
5	MOL010228	类胡萝卜素（carotenoid）	40.75	0.54
6	MOL010230	ST5330591	48.07	0.84
7	MOL010232	顺式番茄红素（cislycopene）	45.51	0.54
8	MOL010234	δ-胡萝卜素（delta-carotene）	31.80	0.54
9	MOL010240	麦角甾-7-烯-3-β醇（ergosta-7-en-3-beta-ol）	38.76	0.82
10	MOL010241	麦角甾烯醇（ergostenol）	35.40	0.71
11	MOL010247	（2R，6S，7aR）-2-（1E，3E，5E，7E，9E，11E，13E，15E）-16-［（1R，4R）-4-羟基-2，6，6-三甲基-1-环己-2-烯基］-1，5，10，14-四甲基十六碳-1，3，5，7，9，11，13，15-辛烯基-2，4，4，7a-四甲基-6，7-二氢-5H-苯并呋喃-6-醇{（2R，6S，7aR）-2-（1E，3E，5E，7E，9E，11E，13E，15E）-16-［（1R，4R）-4-hydroxy-2，6，6-trimethyl-1-cyclohex-2-enyl］-1，5，10，14-tetramethylhexadeca-1，3，5，7，9，11，13，15-octaenyl-2，4，4，7a-tetramethyl-6，7-dihydro-5H-benzofuran-6-ol}	57.88	0.52
12	MOL010248	γ-胡萝卜素（gamma-carotene）	30.98	0.55
13	MOL001979	（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-4，4，10，13，14-五甲基-17-［（2R）-6-甲基庚-5 烯-2-基］-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-十氢-1H-环戊［a］菲蒽-3-醇（LAN）	42.11	0.74
14	MOL010267	番茄红素（lycopene）	32.57	0.50
15	MOL010283	2-甲基-3-［（E，7S，11R）-3，7，11，15-四甲基己癸-2-烯基］萘-1，4-二酮（ZINC03831331）	47.60	0.65
16	MOL001420	（8S，9S，10R，13R，14S，17R）-17-［（1R，4R）-4-乙基-1，5-二甲基己基］-10，13-二甲基-1，2，4，7，8，9，11，12，14，15，16，17-十二烷基氢化环戊［a］菲蒽（ZINC04073977）	37.99	0.75
17	MOL001494	十八碳-6，9-二烯酸乙酯（mandenol）	41.99	0.19
18	MOL001510	（S）-樟脑（5-Ergosten-3β-醇）（24-epicampesterol）	37.57	0.71
19	MOL002268	大黄酸（rhein）	47.06	0.27
20	MOL002588	（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-17-［（1R）-1，5-二甲基-4-亚甲基己基］-4，4，10，13，14-五甲基-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-十氢-1H-环戊［a］菲-3-醇{（3S，5R，10S，13R，14R，17R）-17-［（1R）-15-dimethyl-4-methylenehexyl］-4，4，10，13，14-pentamethyl-2，3，5，6，7，11，12，15，16，17-decahydro-1H-cyclopenta［a］phenanthren-3-ol}	42.36	0.76
21	MOL002773	β-胡萝卜素（β-carotene）	37.18	0.58
22	MOL000354	异鼠李素（isorhamnetin）	49.60	0.30
23	MOL000358	β-谷甾醇（β-sitosterol）	36.91	0.75
24	MOL000359	谷甾醇（sitosterol）	36.91	0.75
25	MOL000422	山柰酚（kaempferol）	41.88	0.24
26	MOL000433	富马酸（FA）	68.96	0.70
27	MOL000449	豆甾醇（stigmasterol）	43.82	0.75
28	MOL000492	（+）-儿茶素［（+）-catechin］	54.82	0.24
29	MOL005100	5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］	47.73	0.27
30	MOL006756	瓜蒌（schottenol）	37.42	0.75
31	MOL000073	（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］	48.95	0.24
32	MOL000953	CLR	37.87	0.67
33	MOL000098	槲皮素（quercetin）	46.43	0.27

图1 沙棘与烧烫伤交集靶点韦恩图

图2 沙棘促进烧烫伤创面修复关键基因的PPI网络

图3 沙棘促进烧烫伤创面修复关键基因的GO富集分析

图4 沙棘促进烧烫伤创面修复关键基因的KEGG富集分析

图5 沙棘促进烧烫伤创面修复的活性成分-靶点基因-作用通路网络图

表2 关键靶点与部分沙棘活性成分的结合自由能

关键靶点	沙棘活性成分	结合自由能（kcal/mol）
CASP3	槲皮素（quercetin）	-5.35
EGFR	槲皮素（quercetin）	-5.89
IL6	槲皮素（quercetin）	-3.65
MYC	槲皮素（quercetin）	-4.26
IFNG	槲皮素（quercetin）	-4.95
TP53	槲皮素（quercetin）	-4.38
PTEN	十八碳-6，9-二烯酸乙酯（mandenol）	-3.66
ESR1	异鼠李素（isorhamnetin）	-5.84
PPARG	异鼠李素（isorhamnetin）天竺葵素（pelargonidin）山柰酚（kaempferol）槲皮素（quercetin）	-4.88 -7.98 -8.11 -7.35
MMP9	槲皮素（quercetin）	-5.22
PRKACA	（+）-儿茶素［（+）-catechin］ 5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］槲皮素（quercetin）	-5.42 -5.61 -6.18 -5.13
PTGS2	天竺葵素（pelargonidin）大黄酸（rhein）异鼠李素（isorhamnetin）山柰酚（kaempferol） β-谷甾醇（β-sitosterol）（+）-儿茶素［（+）-catechin］ 5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］槲皮素（quercetin）	-5.85 -6.69 -5.45 -6.03 -6.83 -5.27 -6.06 -6.46 -5.33

表2 关键靶点与部分沙棘活性成分的结合自由能

关键靶点	沙棘活性成分	结合自由能（kcal/mol）
CASP3	槲皮素（quercetin）	-5.35
EGFR	槲皮素（quercetin）	-5.89
IL6	槲皮素（quercetin）	-3.65
MYC	槲皮素（quercetin）	-4.26
IFNG	槲皮素（quercetin）	-4.95
TP53	槲皮素（quercetin）	-4.38
PTEN	十八碳-6，9-二烯酸乙酯（mandenol）	-3.66
ESR1	异鼠李素（isorhamnetin）	-5.84
PPARG	异鼠李素（isorhamnetin）天竺葵素（pelargonidin）山柰酚（kaempferol）槲皮素（quercetin）	-4.88 -7.98 -8.11 -7.35
MMP9	槲皮素（quercetin）	-5.22
PRKACA	（+）-儿茶素［（+）-catechin］ 5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］槲皮素（quercetin）	-5.42 -5.61 -6.18 -5.13
PTGS2	天竺葵素（pelargonidin）大黄酸（rhein）异鼠李素（isorhamnetin）山柰酚（kaempferol） β-谷甾醇（β-sitosterol）（+）-儿茶素［（+）-catechin］ 5，7-二羟基-2-（3-羟基-4-甲氧基苯基）苯并-4-酮［5，7-dihydroxy-2（3-hydroxy-4-methoxyphenyl）chroman-4-one］（+）-表儿茶素［（+）-ent-epicatechin］槲皮素（quercetin）	-5.85 -6.69 -5.45 -6.03 -6.83 -5.27 -6.06 -6.46 -5.33

图6 部分关键靶点与沙棘活性成分分子对接构象。A为槲皮素与PPARG对接，结合自由能为-7.35 kcal/mol；B为山柰酚与PPARG对接，结合自由能为-8.11 kcal/mol；C为天竺葵素与PPARG对接，结合自由能为-7.98 kcal/mol；D为β-谷甾醇与PTGS2对接，结合自由能为-6.83 kcal/mol；E为大黄酸与PTGS2对接，结合自由能为-6.69 kcal/mol；F为（+）-表儿茶素与PTGS2对接，结合自由能为-6.46 kcal/mol

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Exploring the mechanism of sea buckthorn in promoting burn wound repair based on network pharmacology and molecular docking

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